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スクリプト実行時とインポートが同時に行われたことが原因の可能性があります。 

サーバログに、スクリプト実行時と同じ時間帯に以下の出力がある場合、インポートが実行されています。 

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09/27 16:36:49|INFO|ds.kernel.imp|Import processing was performed.|USER=root|DESCRIPTION=Studio|HOST=XX.XXX.XX.XXX 

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インポート実行時は DataSpiderServer の各種設定の追加・更新等の処理が行われるため、インポート中にスクリプト・サービスの実行を行うことはサポート対象外です。 

このため、インポート実行時には、スクリプト・サービスの実行がされていないことを確認の上で実施してください。 

■補足 

　サーバ移行機能使用時の注意点は、ヘルプにも記載がございますのでご確認ください。 

　▼DataSpider Servistaヘルプ 

・[DataSpiderServerの設定] - [サーバの移行(インポート)] 

　　URL：https://www.hulft.com/help/ja-jp/DataSpider/latest/help/ja/studio/server_configuration.html#import_serversettings

▼DataSpider Cloudヘルプ 

・[DataSpiderServerの設定] - [サーバの移行(インポート)] 

　　URL：https://doc.dataspidercloud.com/latest/help/ja/studio/server_configuration.html#import_serversettings