クエリタイムアウトについては、
一般的に SQL 文の発行からプロセスの終了までの実行時間に対してタイムアウトを設定する機能です。
しかし、実際にクエリタイムアウトが発生した際の動作については、
使用する JDBC ドライバに依存します。
このため、クエリタイムアウト発生時の仕様については、
JDBC ドライバの開発側にご確認をお願いします。
■補足
例として、MySQL の JDBC ドライバでは、クエリタイムアウトの設定値を超過した場合、
「KILL QUERY」という強制終了させるクエリを発行し、データベース側の応答を待つ、
という動作を確認しました。
上記動作では、データベース側の応答を得られない場合、
応答を待ち続けるためタイムアウトが発生しません。