チェックボックスフィールドについては、
項目名を value 要素に渡すことでチェックを入れることが可能です。
例えば、あるチェックボックスフィールドに「sample1」という
チェックボックスが存在する場合は、
Mapper にて、kintone 側のスキーマの value要素に「sample1」という値を渡してください。
■補足
チェックボックスフィールドに「sample1」「sample2」と
複数のチェックボックスが存在し、複数チェックを行いたい場合は、
value要素に対して [単純な繰り返し] ロジックをマッピングすることで
複数チェックすることが可能です。