連携サーバの再起動によって、/logs ディレクトリのアクセス権限が初期設定に戻るのは仕様です。
■仕様説明
/logs ディレクトリはログファイルを取得する目的でシステムマウントを行っているディレクトリです。
このため、所有者「root」に対して読み取りのみ可能な権限を付与しています。
また、下記ヘルプに記載がございますように、上記ディレクトリはファイル操作が非推奨となっているディレクトリです。
・[DataSpider Cloud概要] - [DataSpider Cloudファイルシステムのディレクトリの構成]
このため、/logs ディレクトリのアクセス権限を変更して、上記ディレクトリ内に新規ファイルを作成するなどの操作を行うことは、予期せぬ動作に繋がる可能性があるため、推奨されません。